一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰，一名神秘女子出现，随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人，结果又出现了2台外星机器人，高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险，主动与高斯合体，利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现，他不但启动了两2台外星机器人，并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，

美国队长史蒂夫·罗杰斯带领着全新组建的复仇者联盟，继续维护世界和平。然而，一次执行任务时联盟成员不小心造成大量平民伤亡，从而激发政治压力，政府决定通过一套监管系统来管理和领导复仇者联盟。联盟内部因此分裂为两派：一方由史蒂夫· 罗杰斯领导，他主张维护成员自由，在免受政府干扰的情况下保护世界；另一方则追随托尼·斯塔克，他令人意外地决定支持政府的监管和责任制体系。神秘莫测的巴基似乎成为内战的关键人物……