随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后，一场赌上性命的游戏开始了——
以室町时代为舞台，讲述了后来被称为世阿弥的美少年“鬼夜叉”的故事。在一切以技艺为重的父亲观阿弥身边长大，鬼夜叉始终无法理解人类为何会享受艺术与表演。某一天，他在村子边缘的一户民宅中，看见一名唱歌跳舞的女子，竟不由自主地觉得很好……好奇心旺盛的鬼夜叉在与他人的相遇中学会欢笑与哭泣，直面自身的软弱，一边体会无常的人世，一边逐渐孕育出一种全新的舞蹈形式。
天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。 然而，万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。 最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
