在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
帕西瓦尔和爷爷瓦基斯住在荒芜的边境之地，过着悠闲的生活。 帕西瓦尔快满 16 之时，爷爷问他是否要去冒险，看看外面神奇的世界，帕西瓦尔虽然以要陪爷爷为由，拒绝了冒险，但内心依旧是向往冒险的。 就在这时，一个叫伊隆希德的男人找上门来，杀害了爷爷，而这个男人正是帕西瓦尔的父亲。 帕西瓦尔为搞清真相，踏上了旅途……
《永远之久远》的故事是讲述因为某些原因，有不少正处于青春期的少男少女突然醒觉了某种能力——他们拥有把他们最渴望的想法化成现实的能力。虽然能够把自己的想法化成现实看似很美好，但当他们滥用新能力时，他们便会给能力侵蚀并失去自我，最后化成怪物“Besutia”。而本作的男主角三槌久远，同様是能力者的他不但没有舍弃他们，并接受了他们的灵魂。在无数的晚上，久远与这些孤独的少男少女们一同生活著。另一方面，神秘的组织“Ordo”派出了机器的猎犬“Custodes”狩猎著久远他们。讽刺的是，这些猎犬也是除了大脑及神经以外，其他部分均换成机器的怪物。异端狩猎著异端的讽刺，谁也逃不过这负面的连锁。就这様，久远和少男少女们与这些Custodes持续战斗著。流著血的久远，也在寻求著明天。
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
从两人开始一起登山，海拔197米的天览山，599米的高尾山，1786米的三座山岭山，海拔慢慢地上升。 后来登上了两人的回忆之山谷川岳，在周游关东名峰的过程中，伙伴也渐渐地增加了，大家一起过着充实的户外生活。 对山的知识、道具、自身体力更加充实后，小葵将以更高的高度为目标。
在美丽的多多岛上,热心助人的托马斯是一辆可爱的火车头,他是一个完美主义者,最喜欢帮助别人,不过也常常因为过分热心而令自己卷入麻烦中.但是他乐观开朗,很快就会忘记不愉快的事,所以时常都是笑口常开,心情愉快.托马斯有很多的火车好朋友,他们团结友爱,互相帮助并且勤奋热情地工作,他们每天都会接载不同的乘客,因而发生了不少趣事,从中更认识到公平和友爱的重要。
林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
