真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？ 事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽。他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。雾山之中另有强大灵力的麒麟兽常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽们，因此自愿被封印于巨阙神盾之中。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一股腥风血雨……
出生于灵媒师家族的女高中生·小桃
东叶月（能登麻美子 配音）爱上了身为同性的初美（清水爱 配音），然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝（小林沙苗 配音）的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。 莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。
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