五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。 大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。 三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。 而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。 大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么？ 东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……！ 来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会？
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。 实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。 这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。 准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
