峨眉叛徒云居雁为集齐五颗由上古凶兽幻化的灵石一统三界，复活了峨眉、昆仑两位师祖对峨眉灭门，刚刚从仙魔大战中回归平静的三界又一次陷入巨大的危机萧何为了赶在云居雁之前聚齐灵石以破坏她的阴谋，与原幼清一起率领众弟子，踏上了艰险的寻石之路。在已经退隐江湖多年的昆仑师叔逍遥子的帮助下，萧何和原幼清一众降妖怪战魔龙，甚至不惜牺牲生命。然而得之不易的灵石却被云居雁抢走，众人又一次陷入巨大的危机。逍遥子为救苍生，请出了藏于自己体内的最后一颗灵石，消灭了云居雁，解除了危机，而他自己却烟消云散。

南宋年间，杭州城妖怪肆虐，百姓困苦不堪。玄光寺不通和尚下山降妖除魔，邂逅女降魔师菁菁。原来二人前世实为天庭金童玉女，因触犯天条被贬人间，至此已轮回百世，却始终未能相认。不通与菁菁协力铲除天山老妖，并在途中结识了异域剑神独孤无败，三人志同道合，成为挚友。恰在此时，不通在千年前降服的宿敌毒龙携众妖卷土重来，人间即将遭受一场前所未见的大劫难。到底毒龙酝酿着怎样的惊天阴谋？金童玉女今生能否团聚？正邪力量悬殊，神魔之战一触即发，正义是否能够战胜邪恶？