世界首个VRMMORPG游戏《Sword Art Online》成为了“死亡游戏”。距1万名用户被困在游戏中一事发生，已有一个多月。攻略了钢铁浮游城“艾恩葛朗特”第一层后，亚丝娜继续与桐人搭档，以最顶层为目标继续着旅程。然而，带领玩家攻略游戏的两大精英公会“ALS”（艾恩葛朗特解放队）和“DKB”（龙骑士团）之间爆发了冲突，这背后，有一名神秘人物在暗中行动。在命悬一线的危险战斗中，继“攻略”压力后的另一重“威胁”将桐人和亚丝娜卷入其中。影片根据川原砾同名人气小说改编。

在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣 桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话……