高中生萨迪正在为了在两周后的世界末日到来做着准备。她列好清单，并且有条不紊地进行着，也拒绝一切的舞会活动。但没人相信她。她逐渐被大家所孤立，包括她最好的朋友布伦娜。随着“末日”越来越近，一次地震让大家都相信了末日的传言。大家都在跟身边爱的人告别，萨迪决定参加由泰迪组织的告别舞会。正是因为这样一场“末日传言”，大家意识到了应该珍惜生活的真谛。

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。