夏目偶然与同学结城重逢，回忆起了被妖怪缠身的记忆。此时，夏目认识了津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子一同过着平稳的生活。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着妖怪。寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个……

经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

一个灵种被废的小城少年，意外获得了上古至宝的眷顾，武道昌盛的世界，危机四伏的局面，身处漩涡中心的王昊又该何去何从？